Gebhard Truchseß von Waldburg gehört zu den tragischen Gestalten auf dem Kölner Erzbischofsstuhl. Aus Liebe zu dem Gerresheimer Stiftsfräulein Agnes von Mansfeld (1551-1637) versuchte er vergeblich, in seinem Land die freie Wahl des Bekenntnisses einzuführen. Sein Reformationsversuch führte zum verheerenden Kölner Krieg, dem ersten Religionskrieg auf deutschem Boden nach der Reformation.

Der Rheinbacher Tuchhändler Hermann Löher hat in seinem 1676 gedruckten Buch „Wemütige Klage der frommen Unschültigen“ ein einzigartiges Zeugnis der frühneuzeitlichen Hexenverfolgung im Rheinland geliefert. Als Gerichtsschöffe war er zunächst an Hexenverfolgungen in Rheinbach und Umgebung beteiligt, bis er selbst in den Verdacht der Hexerei kam und fliehen musste. In seiner Schilderung gibt er Einblicke in die Verfolgungsmechanismen, aber auch in die Spannungen, die unter den Verfolgern herrschten.

Mit Erzbischof Adolf III. von Schaumburg kehrte die Kölner Kirche nach dem Reformationsversuch Hermanns V. von Wied auf den altgläubigen Weg zurück. Zusammen mit seinen wichtigsten theologischen Beratern, Johannes Gropper und Eberhard Billick (1499-1557), versuchte Adolf die Kirche zu reformieren, ohne sie zu spalten.