Infolge der konfessionellen Spaltung nach 1555 und vor allem auch während des Achtzigjährigen Krieges gewann die Hexenlehre neuen Zulauf und evozierte gerade zu Beginn des 17. Jahrhunderts eine Massenhysterie, die zu zahlreichen Verdächtigungen, Denunziationen, Prozessen und Hinrichtungen führte. Gerade weil die Hexenverfolgungen damit einer fast ungezügelten Volksbewegung gleichkamen, versuchte die sowohl auf katholischer wie auch auf protestantischer Seite um Ordnung bemühte kirchliche Obrigkeit, dieser Hysterie Einhalt zu gebieten. Einer der bekannteren kirchlichen Kritiker in dieser Zeit war Franciscus Agricola.

Heinrich Cornelius, genannt Agrippa von Nettesheim, war wohl eine der schillerndsten Gestalten des vorreformatorischen Europas. Er trat sowohl als Theologe, Philosoph, Jurist, Astrologe und Arzt in Erscheinung und kann wohl am besten als Renaissance-Gelehrter faustischen Charakters bezeichnet werden. Nicht von ungefähr erscheint Agrippa in Christopher Marlowes (1564-1593) Adaptation des Stoffes als gefährlicher Lehrmeister des skrupellosen Dr. Faustus.

Gebhard Truchseß von Waldburg gehört zu den tragischen Gestalten auf dem Kölner Erzbischofsstuhl. Aus Liebe zu dem Gerresheimer Stiftsfräulein Agnes von Mansfeld (1551-1637) versuchte er vergeblich, in seinem Land die freie Wahl des Bekenntnisses einzuführen. Sein Reformationsversuch führte zum verheerenden Kölner Krieg, dem ersten Religionskrieg auf deutschem Boden nach der Reformation.