Meisner wurde am 12.2.1989 in sein Bischofsamt eingeführt. Nachdem ein erstes Rücktrittsgesuch von Benedikt XVI. abgelehnt worden war, nahm Papst Franziskus Meisners erneuertes Rücktrittsgesuch am 28.2.2014 an. Kardinal Meisner wurde am 9.3.2014 mit einer feierlichen Messe im Kölner Dom als Erzbischof von Köln in den Ruhestand verabschiedet. Er starb am 5.7.2017 in Bad Füssing.