Martin Bucer war der „große Theologe des Dialogs" (Martin Greschat). Prägend war für ihn unter anderem 1518 die Heidelberger Disputation Lateinisch, gelehrtes Streitgespräch. Martin Luthers (1483-1546). In den Jahren 1542/1543 beteiligte er sich auf Geheiß des Kölner Erzbischofs Hermann von Wied mit Predigten und Vorlesungen in Bonn an dem Versuch, die Reformation in Kurköln einzuführen. Zusammen mit Philipp Melanchthon (1497-1560) entwarf er in Bonn zu diesem Zweck eine Reformationsordnung.

Heinrich Cornelius, genannt Agrippa von Nettesheim, war wohl eine der schillerndsten Gestalten des vorreformatorischen Europas. Er trat sowohl als Theologe, Philosoph, Jurist, Astrologe und Arzt in Erscheinung und kann wohl am besten als Renaissance-Gelehrter faustischen Charakters bezeichnet werden. Nicht von ungefähr erscheint Agrippa in Christopher Marlowes (1564-1593) Adaptation des Stoffes als gefährlicher Lehrmeister des skrupellosen Dr. Faustus.

Gebhard Truchseß von Waldburg gehört zu den tragischen Gestalten auf dem Kölner Erzbischofsstuhl. Aus Liebe zu dem Gerresheimer Stiftsfräulein Agnes von Mansfeld (1551-1637) versuchte er vergeblich, in seinem Land die freie Wahl des Bekenntnisses einzuführen. Sein Reformationsversuch führte zum verheerenden Kölner Krieg, dem ersten Religionskrieg auf deutschem Boden nach der Reformation.

Adolf Clarenbach war ein Märtyrer der evangelischen Kirche, der sich ab den 1520er Jahren energisch für die Verbreitung der Lehre Martin Luthers (1483-1546) im Rheinland eingesetzt hat. In Köln wurde er der Ketzerei angeklagt und schließlich zum Tod auf dem Scheiterhaufen verurteilt.

Ungeachtet der seit 1555 im Augsburger Religionsfrieden reichsrechtlich zementierten konfessionellen Teilung in ein altgläubig-katholisches und ein protestantisches Lager – Reformierte wie Calvinisten und Zwinglianer blieben vom Friedensvertrag ausgenommen – gingen die Bemühungen um die Einheit der Kirche in der zweiten Hälfte des 16. Jahrhunderts durchaus noch weiter.

Jakob Omphal war während des Reformationsversuchs des Kölner Kurfürsten und Erzbischofs Hermann von Wied als Kanzler des Erzstiftes dessen wichtigster politischer Berater. Seine Aufgabe lag dabei vor allem in der Vermittlung, während die theologischen Gelehrten den inhaltlichen Diskurs führten. Obwohl Omphal sich durchaus auch auf der Seite der Reformatoren positionierte, erlaubte ihm sein diplomatisches Geschick, seine Karriere nach dem Scheitern Hermanns von Wieds fortzusetzen, wenngleich dann in herzoglich-jülischen Diensten.

Der wohl einflussreichste der humanistisch geprägten und aus dem Bürgertum stammenden Räte im Herzogtum Jülich-Kleve war zweifelsohne der im Jahre 1500 in Wesel geborene Heinrich Bars genannt Olisleger (Alysleger). Sein Vater war ein ungemein erfolgreicher und vermögender Kaufmann, der in zweiter Ehe mit Odilia van Dript (gestorben vor 1529) verheiratet war. Als Sohn eines lebenslang amtierenden Schöffen war Heinrich Senior eigentlich prädestiniert für eine politische Karriere in Wesel.

Caspar Olevian gilt als wichtiger rheinischer Reformator mit europäischer Ausstrahlung. Nach der Unterdrückung des Reformationsversuchs in seiner Heimatstadt Trier 1559 wurde Olevian ein führender evangelisch-reformierter (calvinistischer) Theologe in der Kurpfalz (Heidelberg) und in Nassau (Herborn), dessen Wirken auch auf die anderen Territorien ausstrahlte.

Der Rheinbacher Tuchhändler Hermann Löher hat in seinem 1676 gedruckten Buch „Wemütige Klage der frommen Unschültigen“ ein einzigartiges Zeugnis der frühneuzeitlichen Hexenverfolgung im Rheinland geliefert. Als Gerichtsschöffe war er zunächst an Hexenverfolgungen in Rheinbach und Umgebung beteiligt, bis er selbst in den Verdacht der Hexerei kam und fliehen musste. In seiner Schilderung gibt er Einblicke in die Verfolgungsmechanismen, aber auch in die Spannungen, die unter den Verfolgern herrschten.

Infolge der konfessionellen Spaltung nach 1555 und vor allem auch während des Achtzigjährigen Krieges gewann die Hexenlehre neuen Zulauf und evozierte gerade zu Beginn des 17. Jahrhunderts eine Massenhysterie, die zu zahlreichen Verdächtigungen, Denunziationen, Prozessen und Hinrichtungen führte. Gerade weil die Hexenverfolgungen damit einer fast ungezügelten Volksbewegung gleichkamen, versuchte die sowohl auf katholischer wie auch auf protestantischer Seite um Ordnung bemühte kirchliche Obrigkeit, dieser Hysterie Einhalt zu gebieten. Einer der bekannteren kirchlichen Kritiker in dieser Zeit war Franciscus Agricola.