Martin Bucer war der „große Theologe des Dialogs" (Martin Greschat). Prägend war für ihn unter anderem 1518 die Heidelberger Disputation Lateinisch, gelehrtes Streitgespräch. Martin Luthers (1483-1546). In den Jahren 1542/1543 beteiligte er sich auf Geheiß des Kölner Erzbischofs Hermann von Wied mit Predigten und Vorlesungen in Bonn an dem Versuch, die Reformation in Kurköln einzuführen. Zusammen mit Philipp Melanchthon (1497-1560) entwarf er in Bonn zu diesem Zweck eine Reformationsordnung.

Heinrich Cornelius, genannt Agrippa von Nettesheim, war wohl eine der schillerndsten Gestalten des vorreformatorischen Europas. Er trat sowohl als Theologe, Philosoph, Jurist, Astrologe und Arzt in Erscheinung und kann wohl am besten als Renaissance-Gelehrter faustischen Charakters bezeichnet werden. Nicht von ungefähr erscheint Agrippa in Christopher Marlowes (1564-1593) Adaptation des Stoffes als gefährlicher Lehrmeister des skrupellosen Dr. Faustus.

Gebhard Truchseß von Waldburg gehört zu den tragischen Gestalten auf dem Kölner Erzbischofsstuhl. Aus Liebe zu dem Gerresheimer Stiftsfräulein Agnes von Mansfeld (1551-1637) versuchte er vergeblich, in seinem Land die freie Wahl des Bekenntnisses einzuführen. Sein Reformationsversuch führte zum verheerenden Kölner Krieg, dem ersten Religionskrieg auf deutschem Boden nach der Reformation.

Der Rheinbacher Tuchhändler Hermann Löher hat in seinem 1676 gedruckten Buch „Wemütige Klage der frommen Unschültigen“ ein einzigartiges Zeugnis der frühneuzeitlichen Hexenverfolgung im Rheinland geliefert. Als Gerichtsschöffe war er zunächst an Hexenverfolgungen in Rheinbach und Umgebung beteiligt, bis er selbst in den Verdacht der Hexerei kam und fliehen musste. In seiner Schilderung gibt er Einblicke in die Verfolgungsmechanismen, aber auch in die Spannungen, die unter den Verfolgern herrschten.

Mit Erzbischof Adolf III. von Schaumburg kehrte die Kölner Kirche nach dem Reformationsversuch Hermanns V. von Wied auf den altgläubigen Weg zurück. Zusammen mit seinen wichtigsten theologischen Beratern, Johannes Gropper und Eberhard Billick (1499-1557), versuchte Adolf die Kirche zu reformieren, ohne sie zu spalten.

Infolge der konfessionellen Spaltung nach 1555 und vor allem auch während des Achtzigjährigen Krieges gewann die Hexenlehre neuen Zulauf und evozierte gerade zu Beginn des 17. Jahrhunderts eine Massenhysterie, die zu zahlreichen Verdächtigungen, Denunziationen, Prozessen und Hinrichtungen führte. Gerade weil die Hexenverfolgungen damit einer fast ungezügelten Volksbewegung gleichkamen, versuchte die sowohl auf katholischer wie auch auf protestantischer Seite um Ordnung bemühte kirchliche Obrigkeit, dieser Hysterie Einhalt zu gebieten. Einer der bekannteren kirchlichen Kritiker in dieser Zeit war Franciscus Agricola.

Adolf Clarenbach war ein Märtyrer der evangelischen Kirche, der sich ab den 1520er Jahren energisch für die Verbreitung der Lehre Martin Luthers (1483-1546) im Rheinland eingesetzt hat. In Köln wurde er der Ketzerei angeklagt und schließlich zum Tod auf dem Scheiterhaufen verurteilt.

Ungeachtet der seit 1555 im Augsburger Religionsfrieden reichsrechtlich zementierten konfessionellen Teilung in ein altgläubig-katholisches und ein protestantisches Lager – Reformierte wie Calvinisten und Zwinglianer blieben vom Friedensvertrag ausgenommen – gingen die Bemühungen um die Einheit der Kirche in der zweiten Hälfte des 16. Jahrhunderts durchaus noch weiter.